ישנם מספר מוסדות להשכלה גבוהה הממוקמת ברחבי פורטו ריקו, עם אוניברסיטת פורטו ריקו להיות גדול והוותיקה ביותר. כטריטוריה של ארצות הברית, ייתכן שיש לי אזרחי גישה להזדמנויות נוספות לחינוך.

התואר השני, או מגיסטר למדעים, הוא תואר אקדמי מוכר בעולם המצביע על בקיאות וידע של נושא או תחום מסוימים. רוב תוכניות התואר השני לקחת כארבע שנים לסיים, לאחר שכמה להצטרף לכוח העבודה, בעוד שאחרים ממשיכים בכיתה.