לתכנית הלימודים בפקולטה לכלכלה יש משימה המתמקדת בחינוך ובמחקר מדעי משלה אך מתואמת עם המשימה המוסדית. לפיכך, תכנית התואר השני "ניהול ארגונים" שואפת לפתח קטגוריה של אנשי מקצוע המסוגלים להשתלב בהצלחה בשוק העבודה, להשתתף בתוכניות מחקר מדעיות מקומיות, לאומיות ובינלאומיות ולהפיק מיוון באמצעות חוזים ופרסומים. תוצאות מומחיות של מדעיות מחקר; לתרום לרכישת יתרונות תחרותיים בשוק עבור הארגונים בהם יפעלו כמומחים.
על מנת למלא את המשימה, מוצעים להלן יעדים ספציפיים: הקלת רכישת ידע בסיסי ומתמחה במערכת מבצעית המבטיחה יכולת מקצועית וחברתית של בוגרי העתיד, בארץ ובעולם; הכשרה של מומחים בעלי הכשרה מעולה בתחום, התואמת את דרישות הרמה הנוכחית המוכרת ארצית ובינלאומית; מתן ידע מקצועי רלוונטי בתחומים מתמחים באמצעות התחומים הניתנים בתוכניות הלימודים; השתתפות סטודנטים בתוכניות מחקר מדעיות מקומיות, לאומיות ובינלאומיות עם נושאים השייכים לתכנית הלימוד.